A PrenaTest® klinikai validálása

A PrenaTest® diagnosztikai értéke egyes- és iker-terhességek, valamint nemi kromoszóma-rendellenességek esetén

A PrenaTest® validálására, az összesen 870 egyes – és ikerterhességben elvégzett klinikai vizsgálatok 99,8%-ban adtak egyértelmű eredményt. A részletes adatokat a PrenaTest® pontosságát illetően az alábbiakban közöljük:

A PrenaTest® diagnosztikai értéke egyes terhességekben

A PrenaTest® diagnosztikus biztonságát igazoló tanulmányok közül a 2012-ben zajlott Európai Validációs Tanulmány (European Validation Study – EVS) 468 vérmintát dolgozott fel, míg a 2013-ban, az amerikai Sequenom céggel közösen végzett vizsgálat (Sequenom Collective Study – SCS) további 340 mintát dolgozott fel. Összesítve, a PrenaTest® diagnosztikus biztonságát 808 mintán vizsgálták, melyek között 75 eset volt 21-es triszómiás, 14 eset volt 18-as triszómiás és 8 eset volt 13-as triszómiás. A 808 mintából 806 esetet helyesen ismert fel a teszt (806/808 = 99,8%). Az EVS tanulmányban egy eset volt fals-negatív 21-es triszómiára nézve és egy eset volt fals pozitív 18-as triszómiára nézve.

 

1. táblázat 1: Az esetek száma és a teljes detekciós ráta 13-as, 18-as és 21-es triszómiák esetében

 

2012-es EVS
2013-as SCS
Összesítés
Szenzitivitás
(95%-os CI)
97,6%
(88,9%)
100%
(91,6%)
98,7%
(93,8%)
Specificitás
(95%-os CI)
100%
(99,3%)
100%
(99,0%)
 100%
(99,6%)

2. táblázat: A PrenaTest® szenzitivitása és specificitása a 21-es triszómia kimutatásában egyes terhességek esetén

(nem tartalmazza a mozaicizmust és a szerkezeti aberrációkat).

 

2012-es EVS
2013-as SCS
Összesítés
Helyesen felismert minták 466/468 (99,6%) 340/340 (100%) 806/808 (99,8%)
13-as triszómia 5/5 (100%) 3/3 (100%) 8/8 (100%)
18-as triszómia 8/8 (100%) 6/6 (100%) 14/14 (100%)
21-es triszómia 40/41 (97,6%) 34/34 (100%) 74/75 (98,7%)
Teljes detekciós ráta 53/54 (98,1%) 43/43 (100%) 96/97 (99,0%)
Álpozitív ráta 1/414 (0,2%) 0/297 (0%) 1/711 (0,1%)

 

A qPCR alapú PrenaTest® Alap vizsgálat teljesítményének értékelése, a 21-es triszómia kimutatására

A PrenaTest® Alap egy klinikai vizsgálat keretében lett validálva. Az anyai plazma mintákra vonatkozó vizsgálati eredmények (n=966) 100%-os pozitív százalékos egyezést (PPA; szenzitivitásnak felel meg) (alsó egyoldali 95%-os konfidencia intervallum: 91,8 %; n=35/35) és 100%-os negatív százalékos egyezést mutattak (NPA; specificitásnak felel meg; n=931/931) az NGS-alapú PrenaTest® vizsgálathoz képest. A negatív prediktív érték (NPV) az új qNIPT vizsgálatra és a megerősítő NGS vizsgálatra vonatkozóan 100% volt (alsó egyoldali 95%-os konfidencia intervallum: 99,68 %). Az összes vizsgált vérmintában található átlagos magzati frakciók aránya 8,1% volt. A qNIPT vizsgálat 54 darab 4% alatt és egészen 2,4 % magzati frakcióval rendelkező vérminta esetében is megbízható eredményt adott.

Mind a pozitív és a negatív százalékos egyezés 100%-os értéke alapján, a validált qNIPT eljárás (az új PrenaTest® Alap) változatlan minőségű PrenaTest® elvégzését biztosítja, az újgenerációs szekvenálással (NGS) végzett PrenaTest®-hez képest. Az új PrenaTest® Alap vizsgálat nem alkalmazható ikerterhességek esetén.

 

 

3. táblázat: A PrenaTest® Alap teljesítménye a 21-es kromoszóma vizsgálatában, egyes terhességek esetén

 

qNIPT 2016
Helyesen felismert minták 966/966 (100%)
21-es triszómia pozitív 35/35 (100%)
21-es triszómia negatív 931/931 (100%)
Szenzitivitás 100% (91.8%)
Specificitás 100% (-)
NPV 100% (99.68%)

 

A PrenaTest® diagnosztikai értéke ikerterhességekben

Hatvan ikerterhességben és 2 hármasiker-terhességben vizsgálták a Prenatest teljesítményét. Az ikerterhességek közül 6 esetben jelzett a teszt 21-es triszómiát (egy esetben egypetéjű konkordáns, és 5 esetben kétpetéjű, diszkordáns ikerterhesség igazolódott), melyek mindegyike megerősítést nyert magzatvízvételt követő karyotypizálással. A többi minta egészséges magzatokat jelzett. (A negatív esetek egy részében is kérték a szülők a karyotypizálást, illetve megszületés utáni gyermekgyógyászati vizsgálat igazolta az egészséges újszülöttet.) A vizsgált minták között a Prenatest nem jelzett 13-as és 18-as triszómiát, így erre vonatkozóan nem lehetett következtetéseket levonni. Továbbá, a kevés hármasiker eset miatt nem lehetett meghatározni a Prenatest hatékonyságát ebben a terhes populációban.

 

4. táblázat: A PrenaTest® teljesitménye ikerterhességekben

 

2013-as LC vizsgálat 2014-es SQNM vizsgálat
Összesítés
Helyesen felismert minták 46/46* 16/16 62/62*
21-es triszómia 2/2 4/4 6/6
13-as és 18-as triszómia 0 0 0
Detekciós ráta 2/2 4/4 6/6
*Ebből 2 hármasiker-terhesség
A PrenaTest® diagnosztikai értéke nemi kromoszóma-rendellenességek esetén

A PrenaTest®-et nemi kromoszóma-rendellenességek (Turner-, Tripla X-, Klinefelter- és XYY-szindrómák) vonatkozásában is vizsgálták, összesen 434, egyes terhességből vett minta alapján. A vizsgálat során a 12 érintett magzat közül 11 esetben (92%) jelezte az elváltozást a Prenatest, míg öt esetben volt az eredmény diszkordáns (”fals pozitív”). A vizsgált esetek kis száma miatt jelenleg a LifeCodexx AG nem közöl szenzitivitásra és specificitásra vonatkozó adatokat az egyes nemi kromoszóma-rendellenességekre vonatkozóan.

 

5. táblázat: A PrenaTest® teljesítménye nemi kromoszóma-rendellenességek megállapításában

 

2012-es EVS
2013-as SQNM vizsgálat
Összesítés
Helyesen felismert minták 377/383* (98,4%) 51/51(100%) 428/434* (98,6%)
Turner-szindróma 7/8 (87,5%) 3/3 (100%) 10/11 (90,9%)
Triple X-szindróma 0 0 0
Klinefelter-szindróma 0 0 0
XYY-szindróma 1/1 (100%) 0 1/1 (100%)
Teljes detekciós ráta 8/9 (88,9%) 3/3 (100%) 11/12 (91,7%)
Álpozitív ráta 5/374 (1,3%) 0/48 (0%) 5/422 (1,2%)
* Öt álpozitív (diszkordáns) minta közül három darab normál, férfi karyotypusú minta álpozitívnak bizonyult Klinefelter-szindrómára nézve. Ezek közül két mintában 5% alatti volt a szabad magzati DNS-arány, míg a harmadik minta kóros X-kromoszóma értéket mutatott, ami anyai Tripla X-szindróma következménye lehetett (erre vonatkozó anyai karyriotypizálás nem történt). A másik kettő, Turner-szindrómára nézve álpozitív eredmény hátterében állhatott anyai mozaicizmus, vagy az alacsony szabad magzati DNS-arány.
A PrenaTest® alkalmazhatósága a DiGeorge szindrómával és a velo-cardio-faciális szindrómával (Shprintzen szindróma) összefüggő 22q11.2 mikrodeléció kizárására vagy azonosítására

A vizsgálati módszer validálása:

 

Mesterségesen előállított DNS mintából nyert adatok és számos 22q11.2 mikrodeletióval sújtott magzatot hordozó várandós mintája kerültek újgenerációs szekvenálással bevizsgálásra. Mindegyik esetben helyesen azonosították a 22q11.2 mikrodeleciót. A validáció három lépés került elvégzésre:

 

1.Fázis

Négy, különböző cffDNS szintű (16%, 8%, 4% és 2%) 22q11.2 mikrodeleciós szintetikus minta került bevizsgálására, többszöri alkalommal. Két mintában, amelyben a cffDNS szint 8% és 16% volt, a 22q11.2 mikrodeleció helyesen került kimutatásra, míg az alacsonyabb cffDNS szintű minták esetében az eredmény nem volt szignifikáns.

 

2. Fázis

Négy várandós mintáját, akiknél 22q11.2 mikrodeleciót azonosítottak magzatukban, retrospektív vizsgálat történt és mindegyik esetben a 22q11.2 mikrodeleció helyesen került kimutatásra. Ebben a fázisban, 3 esetben a 22q11.2 mikrodeleció jelenlétét korábban megerősítették invazív diagnosztikai eljárással. A negyedik minta esetében szívfejlődési-rendellenességet (DORV) azonosítottak ultrahanggal. Szülés után a DiGeorge szindroma jelenlétét megerősítették.

 

3. Fázis

Egy utolsó, belső vak vizsgálat keretében a 2. fázisban használt 22q11.2 mikrodeleciós minták és az euploid mintákat értékelték. Mindegyik minta megfelelő értékelést kapott. Az alacsony esetszám miatt pontos szenzitivitás és specificitás nem meghatározható.

 

Helyesen értékelt minták: 16/16

Detekciós ráta: 2/2

Fals pozitívitási ráta: 0/14

 

 

A NIPT korlátai

 

 

 

 

top